Specialiștii avertizează că riscul de îmbolnăvire crește atunci când regulile de igienă nu sunt respectate sau când întreținerea apei nu se face corect. Și, deși clorul distruge majoritatea germenilor, există agenți patogeni, precum parazitul Cryptosporidium, care pot supraviețui chiar și mai mult de o săptămână în apă tratată. Printre bolile care se pot transmite prin apa din piscine se numără infecțiile gastrointestinale (diaree, crampe abdominale, vărsături, febră) cauzate de Cryptosporidium, Giardia, E.coli sau norovirus. Foliculita, o erupție cutanată cauzată de Pseudomonas aeruginosa, apare adesea după înotul în piscine insuficient igienizate, mai ales în zonele acoperite de costumul de baie. De asemenea, purtarea unui costum de baie ud pentru mult timp poate duce la infecții urinare sau vaginale, iar stagnarea apei în ureche favorizează apariția otitei externe. În cazuri rare, inhalarea vaporilor dintr-un jacuzzi contaminat poate provoca legioneloză, o formă severă de pneumonie. Cei mai expuși la aceste infecții sunt copiii mici, femeile însărcinate, persoanele cu imunitatea scăzută și vârstnicii sunt mai vulnerabili la aceste afecțiuni.